A、蛋白质工程的实质是改造基因，A正确；B、蛋白质工程在设计蛋白质结构时的依据是预期的蛋白质功能，B错误；C、蛋白质工程是通过修改基因或创造合成新基因来改变生物的遗传和表达形状，合成新的蛋白质，故蛋白质工程的基础是基因工程，C正确；D、蛋白质工程遵循的原理包括中心法则，D正确．故选：B．
