关于单片机AD采样单匝穿心式电流互感器二次电流值的技术讨论

我想你的单片机硬件电路有问题
（1）如果S2为正时，S1为负，恐怕要损坏单片机，最好采样后用二极管整流，就只采样正半波峰值，二极管损失的电压可在单片机内用程序补偿。
（2）中断后当然要延时才能采到峰值电压，而且要相当精确的5ms。这也是你第三个问题要回答的，要准确，你就多采几次求平均值。
（3）峰值当然也要转换成平均值 公式为采的值/1.414
（4）最好将交流波的过零点区出发你的中断，交流波应采样整理，变成方波，输入单片机。这样才可靠
(5) 我补充一下，你可以看看单片机的资料，管脚负电压最高到多少，一般情况下，我记得能到-0.8V左右，而你的-3.5V恐怕就不行了。
（6）你为什么要正负半周全采集呢，不用的，正弦波么，采上半周足矣，峰值除以根2就是有效值了。我原来弄过的，没问题的！

一点感想，仅供参考：
用电阻进行电流-电压转换，可能会有非线性误差，可采用交流电流精密整流电路，即可采到负值，又提高线性
利用峰值算有效值，在纯正弦电路可以，实际电路可能不是（有整流滤波，没功率因数校正，电流成脉冲状），可用纯有效值转换电路。
如果不是计量电量，尤其是继电保护，可能不用考虑上述问题。
可以在数据处理时，屏蔽过零中断；可在采集信号有下降时认为前一个是峰值。
若不加运放，可在线圈2处不接地，接1/2基准电压，可采负值，注意1/2基准是零（采到1.2基准的值认为是0，低于的反相）
可能不会马上烧毁单片机，但有负电压可能单片机工作不正常，这种接法不好
应在输入加保护，TVS、二极管接VCC等，以免大脉冲，
仅供参考

二次电流一般是不变的，5A或1A. 二次匝数越多代表变比越大，1000匝就是1000/5A或1000/1A 一次匝数多，二次匝数不变，变比会越小 显示电流小，

S2与单片机共地会造成信号不一定准确，正确方法应该是S1和S2直接连两个50欧的电阻，两电阻之间为地才合适，再使用一级放大器利用直流特性把信号抬高，再送进AD。
不过我觉得你要是需要得到电流值，那么去计算有效值要比得到峰值再除以根号2来的准确。万一再峰值的时候正好有个毛刺，那出来的数值差挺大的。